طراحی پپتیدوممتیک مهار کننده های جدید پروتئاز htlv-1 بر اساس مطالعات داکینگ و شبیه سازی دینامیک مولکولی
thesis
- دانشگاه تربیت معلم - سبزوار - دانشکده علوم پایه
- author جواد ملکی
- adviser میترا خیرآبادی صفیه صوفیان ریحانه صباغزاده
- Number of pages: First 15 pages
- publication year 1393
abstract
ویروس htlv-1 از خانواده رتروویروس ها می باشد و باعث ایجاد بیماری هایی نظیر لوسمی t-cell بزرگسالان (atl) ، تشنج گرمسیری فلج کننده (ham/tsp ) و اختلالات عصبی می گردد. پروتئین پروتئاز یکی از مهمترین آنزیم های ویروسی بشمار می رود و با مهار آن می توان از ادامه چرخه آلودگی این ویروس جلوگیری بعمل آورد. سری جدیدی از مهار کننده ها را ایجاد گردید و با استفاده از ابزارهای محاسباتی نحوه اتصال آن ها به پروتئین پروتئاز را سنجیده شد. ترکیبات بر اساس مشابهت با پپتید اصلی و بر پایه مقلدهای پپتیدی توسط برنامه هایپرکم ایجاد و بهینه . ساختار کریستال پروتئاز ویروس htlv-1 از بانک اطلاعات پروتئینی دانلود گردید و توسط برنامه گرومکس طی عمل دینامیک مولکولی به حالت اولیه خود تبدیل گردید، این عمل بر روی پروتئازهای ویروس های hiv و blvنیز صورت گرفت. خصوصیات admet مهارکننده های طراحی شده توسط برنامه های تحت وب molinspiration، molsoft و lazar مورد ارزیابی قرار گرفت. عمل داکینگ مولکولی توسط برنامه اتوداک بر روی مهارکننده های طراحی شده انتخاب شده انجام گردید و دو ترکیبی که بهترین نتیجه را ارائه داده بودند انتخاب شده و عمل داکینگ با پروتئازهای ویروس hiv و blv نیز انجام گردید. عمل دینامیک مولکولی بر روی بهترین نتایج حاصل از داکینگ مولکولی ویروس های htlv-1 و hiv توسط گرومکس بمدت 20 نانوثانیه انجام گردید. نتایج حاصل از بررسی های admet، داکینگ و دینامیک مولکولی به ما نشان دادند ترکیبات جدید که بر پایه مقلدهای پپتیدی (سولفانوپپتویدها) ایجاد شده اند ، می توانند ترکیبات بالقوه ای برای مهار پروتئازهای ویروسی باشند و با ایجاد تغییرات مناسب در آن ها می توان از این ترکیبات هدف بعنوان ترکیبات موثری برای مهار و مبارزه با عفونت های ویروسی استفاده نمود .
similar resources
طراحی کامپیوتری برخی عوامل ضدقارچ جدید با استفاده از شبیه سازی های دینامیک مولکولی و داکینگ
سیتوکروم p450، یک آنزیم هِموپروتئینی است که در دیواره ی سلولی قارچ ها باعث تبدیل لنسترول به اِرگسترول می شود.در این مطالعه این آنزیم هِموپروتئینی که عمده فعالیتش را از طریق گروه هِم خود انجام می دهد، از بانک اطلاعاتی پروتئین استخراج شده و با استفاده از نرم افزار گرومکس تحت شبیه سازی دینامیک مولکولی قرارگرفت. داکینگ (اتصال) پروتئین شبیه سازی شده با داروهای ضدقارچ توسط نرم افزار مولگرو نشان داد که طی...
طراحی مهارکنندههای جدید پپتیدی با گروههای عاملی بر پایه بنزن برای پروتئاز ویروس HTLV-1 با روشهای محاسباتی
زمینه و هدف : ویروس htlv-1 جز خانواده رتروویروسها میباشد ، این ویروس در انسان باعث ایجاد بیماریهایی نظیر لوسمی T-Cell بزرگسالان (ATL )، HAM/TSP و ... میگردد . یکی از پروتئینهای مهم در این ویروس پروتئاز است که برای بلوغ ویروس نیز ضروری میباشد .مهارکنندههایی که تاکنون برای پروتئاز ساخته شدهاند ،فعالیت مناسبی را از خود نشان ندادهاند .در این مطالعه سری جدیدی از مهار کنندهها ایجاد و با است...
full textردیابی و تعیین خصوصیات مولکولی جدایه های ایرانی Fig badnavirus-1 بر اساس ژن تولید کننده آنزیم پروتئاز
بادنا ویروس یک انجیر (Fig badnavirus -1) متعلق به خانواده Caulimoviridae و جنس Badnavirus و یکی از شایع ترین عوامل ویروسی همراه با بیماری موزائیک انجیر در انجیرکاری های جهان می باشد. طی فصول زراعی سال های 1391 تا 1393، در مجموع تعداد 392 نمونه برگی علائم دار و بدون علائم ویروسی از انجیر کار های مختلف موجود در 9 استان کشور جمع آوری شد. نمونه ها توسط آزمون سرولوژیکی Dot Immunobinding Assay (DIBA)...
full textشبیه سازی دینامیک مولکولی پروتئین همولیزین باسیلوس پامیلوس و داکینگ آن با کلسترول و پیشگویی تغییرات کنفورماسیونی این پروتئین در طراحی دارو با کمک بیوانفورماتیک
همولیزین یک پروتئین خارج سلولی است که توسط بسیاری از باکتریهای بیماریزا و غیر بیماریزا ترشح میشود. سطح فعالیت آنها غشایپلاسمایی گلبولهای قرمز خون میباشد. همولیزین جزء سموم وابسته به کلسترول میباشد یعنی کلسترول را به عنوان گیرنده بر روی سطح سلولهای خونی شناسایی کرده و از طریق آن به سلول هدف متصل میشود. در این تحقیق ما بر روی همولیزین گونهایی از باسیلوس به نام باسیلوس پامیلوس SAFR0032 ...
full textطراحی مهارکننده های جدید پپتیدی با گروههای عاملی بر پایه بنزن برای پروتئاز ویروس htlv-1 با روشهای محاسباتی
زمینه و هدف : ویروس htlv-1 جز خانواده رتروویروس ها می باشد ، این ویروس در انسان باعث ایجاد بیماری هایی نظیر لوسمی t-cell بزرگسالان (atl )، ham/tsp و ... می گردد . یکی از پروتئین های مهم در این ویروس پروتئاز است که برای بلوغ ویروس نیز ضروری می باشد .مهارکننده هایی که تاکنون برای پروتئاز ساخته شده اند ،فعالیت مناسبی را از خود نشان نداده اند .در این مطالعه سری جدیدی از مهار کننده ها ایجاد و با است...
full textطراحی کامپیوتری مهارکننده های جدید انتخابی سیکلواکسیژناز-2 (cox-2) با استفاده از شبیه سازی های داکینگ و دینامیک مولکولی
در حال حاضر مهارکننده های انتخابی cox-2 توجه زیادی را در طراحی داروهای ضدالتهاب غیر استروئیدی (nsaids) به خود جلب کرده اند زیرا آن ها عاری از اثرات جانبی معمول nsaidsهای کلاسیک اند. تحقیق پیش رو بر طراحی مهارکننده های جدید انتخابی cox-2 متمرکز است. ابتدا مدل های سه بعدی آنزیم های cox با مدل سازی هم سانی ساخته شدند. به منظور ساختن مدل های هم-سانی coxs، توالی های آمینواسیدی coxs از وب سایت ncbi...
15 صفحه اولMy Resources
document type: thesis
دانشگاه تربیت معلم - سبزوار - دانشکده علوم پایه
Hosted on Doprax cloud platform doprax.com
copyright © 2015-2023